{"id":12785,"date":"2017-10-02T13:04:05","date_gmt":"2017-10-02T19:04:05","guid":{"rendered":"https:\/\/askthescientists.com\/defining-microbiome\/"},"modified":"2019-12-30T10:39:20","modified_gmt":"2019-12-30T17:39:20","slug":"defining-microbiome","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/askthescientists.com\/fr\/defining-microbiome\/","title":{"rendered":"D\u00e9finition du microbiome\u00a0: un groupe de bact\u00e9ries amies"},"content":{"rendered":"<p><img decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-large wp-image-12779\" src=\"https:\/\/askthescientists.com\/wp-content\/uploads\/2017\/10\/AdobeStock_145714011-1030x543.jpeg\" alt=\"defining microbiome\" width=\"1030\" height=\"543\" \/><\/p>\n<p>Nous ne sommes jamais seuls. Des milliers de milliards de microbes amis fourmillent dans l\u2019organisme et c\u2019est loin d\u2019\u00eatre mauvais. Tous ensemble, ils forment le microbiome \u2013 un mot souvent entendu, mais un concept qui reste mal compris. La d\u00e9finition du microbiome est pourtant assez simple. C\u2019est cette multitude de bact\u00e9ries, champignons, protozoaires et virus tout juste mentionn\u00e9e. La d\u00e9finition est simple, mais ne vous y trompez pas\u00a0: le microbiome est un sujet presque in\u00e9puisable.<\/p>\n<p>Si vous entendez \u00ab\u00a0microbiome\u00a0\u00bb pour la premi\u00e8re fois, ne vous affolez pas. Inutile de sortir le d\u00e9sinfectant. Vous n\u2019avez pas \u00e0 vous sentir d\u00e9go\u00fbtant ou sale, ni \u00e0 avoir des d\u00e9mangeaisons parce que vous \u00eates l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me de milliers de milliards de bact\u00e9ries et d\u2019autres microbes.<\/p>\n<p>Le microbiome est normal m\u00eame en vivant sainement. Nombre d\u2019\u00e9tudes laissent entendre que cette communaut\u00e9 de microbes peut m\u00eame jouer un r\u00f4le plus important dans la sant\u00e9.<\/p>\n<p>Toujours un peu mal \u00e0 l\u2019aise? Une pr\u00e9sentation du microbiome pourrait sans doute vous rassurer. Allons au-del\u00e0 de sa simple d\u00e9finition et d\u00e9couvrons les bact\u00e9ries amies.<\/p>\n<h2><strong>Notions de base en bact\u00e9riologie \u00a0<\/strong><\/h2>\n<p>D\u2019autres microbes vivent dans le microbiome, mais les bact\u00e9ries, en nombre dominant, ont fait plus souvent l\u2019objet d\u2019\u00e9tudes. Elles retiendront ainsi davantage notre attention dans cet article. Une information de base sur les bact\u00e9ries est un excellent point de d\u00e9part pour approfondir le sujet du microbiome.<\/p>\n<p>Ce qu\u2019il faut d\u2019abord savoir des bact\u00e9ries, c\u2019est qu\u2019elles sont en nombre incalculable. M\u00eame invisibles \u00e0 l\u2019\u0153il nu, elles dominent pourtant la plan\u00e8te.<\/p>\n<p>Elles forment le pourcentage le plus \u00e9lev\u00e9 de toutes les formes de vie sur Terre. Le poids total des bact\u00e9ries est sup\u00e9rieur \u00e0 celui de l\u2019ensemble des \u00eatres humains. On estime leur nombre total \u00e0 cinq millions de millions de milliards de milliards. Un nombre si \u00e9lev\u00e9 qu\u2019il est impossible \u00e0 \u00e9noncer. Disons qu\u2019il s\u2019agit d\u2019un cinq suivi de 30 z\u00e9ros.<\/p>\n<p>Ensuite, les bact\u00e9ries sont du groupe des procaryotes. Unicellulaires, ces derniers sont dot\u00e9s d\u2019une membrane externe primitive, sans \u00e9l\u00e9ments cellulaires pr\u00e9cis et sans noyau distinct. Tous les ingr\u00e9dients essentiels \u00e0 la vie \u2013 ADN, prot\u00e9ines et autres \u2013 flottent autour dans un liquide cellulaire appel\u00e9 cytoplasme.<\/p>\n<p>D\u2019un groupe biologique diff\u00e9rent, les humains, les animaux et autres formes de vie cellulaires complexes sont des eucaryotes. Chez ces organismes multicellulaires, des membranes entourent les organites (\u00e9l\u00e9ments de la cellule remplissant des fonctions pr\u00e9cises) et le noyau des cellules.<\/p>\n<h2><strong>L\u2019organisme et les bact\u00e9ries<\/strong><\/h2>\n<p>Ayant acquis des notions de base en biologie, il est temps de voir les interactions des bact\u00e9ries et microbes avec l\u2019\u00eatre humain. Commen\u00e7ons par des donn\u00e9es arithm\u00e9tiques.<\/p>\n<p>Le nombre de bact\u00e9ries est sup\u00e9rieur \u00e0 celui de quoi que ce soit d\u2019autre sur Terre, mais il en va diff\u00e9remment de l\u2019organisme. On a d\u00e9j\u00e0 estim\u00e9 que le nombre de cellules dans le microbiome \u00e9tait sup\u00e9rieur \u00e0 celui dans l\u2019organisme, selon un rapport de dix \u00e0 un. Des \u00e9tudes r\u00e9centes ram\u00e8nent plut\u00f4t ce rapport \u00e0 environ un pour un. M\u00eame s\u2019il s\u2019agit du dixi\u00e8me de ce que l\u2019on a longtemps tenu pour v\u00e9rit\u00e9, il reste que l\u2019\u00eatre humain vit avec des milliards de bact\u00e9ries.<\/p>\n<p>L\u2019organisme forme des communaut\u00e9s o\u00f9 logent des bact\u00e9ries et microbes d\u2019une grande diversit\u00e9. Ils sont tr\u00e8s diff\u00e9rents selon qu\u2019ils r\u00e9sident dans la peau, le nez, la bouche, les oreilles ou les aisselles. Cette diff\u00e9rence existe m\u00eame entre bact\u00e9ries et microbes vivant entre les orteils et sur d\u2019autres parties du pied. L\u2019intestin \u2013 auquel on pense d\u00e8s que le mot \u00ab\u00a0microbiome\u00a0\u00bb est prononc\u00e9 \u2013 peut en contenir \u00e0 lui seul 40\u00a0000 de souches ou esp\u00e8ces diff\u00e9rentes. En raison de la rivalit\u00e9 pour s\u2019approprier espace et nourriture qu\u2019elle installe, cette diversit\u00e9 est importante.<\/p>\n<p>L\u2019\u00e9go\u00efsme caract\u00e9rise les bact\u00e9ries comme toutes les autres formes de vie. Elles ne vivent pas avec l\u2019\u00eatre humain par h\u00e9ro\u00efsme ou compassion. L\u2019imp\u00e9ratif biologique d\u2019une bact\u00e9rie est d\u2019assurer sa subsistance et celle de ses descendants. Par bonheur, l\u2019organisme a \u00e9volu\u00e9 et tire parti de cet \u00e9go\u00efsme, ce qui cr\u00e9e un processus o\u00f9 tous les partis sont gagnants (la symbiose). Les bact\u00e9ries ont de la nourriture et l\u2019organisme utilise des compos\u00e9s produits par les bact\u00e9ries.<\/p>\n<p>Cette relation plut\u00f4t productive pourrait nous inciter \u00e0 qualifier les bact\u00e9ries de bonnes ou mauvaises. Ce serait beaucoup trop simple, m\u00eame s\u2019il existe des cas tr\u00e8s clairs \u2013 les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes nocives. Par contre, le cas d\u2019autres bact\u00e9ries n\u2019est pas aussi tranch\u00e9, car r\u00e8gle g\u00e9n\u00e9rale, la plupart sont inoffensives ou l\u00e9g\u00e8rement b\u00e9n\u00e9fiques.<\/p>\n<p>La fa\u00e7on de voir certaines bact\u00e9ries (bonnes ou mauvaises, saines ou nocives) d\u00e9pend souvent de leur localisation. Une souche bact\u00e9rienne peut \u00eatre b\u00e9n\u00e9fique dans une zone de l\u2019organisme, en aidant \u00e0 la digestion ou au bon fonctionnement immunitaire. Par contre, elle peut \u00eatre nuisible ailleurs. La seule quantit\u00e9 de bact\u00e9ries peut \u00eatre probl\u00e9matique. Par exemple, un syst\u00e8me immunitaire affaibli peut permettre \u00e0 une souche bact\u00e9rienne de se multiplier et de cro\u00eetre jusqu\u2019\u00e0 cr\u00e9er une population qui pose probl\u00e8me.<\/p>\n<p>Par ailleurs, les bact\u00e9ries ne passent pas soudainement du r\u00f4le de h\u00e9ros \u00e0 celui de m\u00e9chant. Loin de se comporter de cette fa\u00e7on, elles demeurent sensiblement les m\u00eames en tout temps\u00a0: des \u00e9go\u00efstes qui ne cessent d\u2019essayer de se multiplier. Si elles se retrouvent au mauvais endroit, l\u00e0 o\u00f9 la symbiose est difficile, ou si le nombre de ces microbes est excessif, elles peuvent causer bien des torts.<\/p>\n<p>Si les bact\u00e9ries sont pour la plupart inoffensives et ne peuvent \u00eatre class\u00e9es comme bonnes ou mauvaises, qu\u2019en est-il des probiotiques? Il existe des souches bact\u00e9riennes dont la recherche a montr\u00e9 les bienfaits dans certains cas, mais des cas rares tr\u00e8s pr\u00e9cis \u00e9tant donn\u00e9 les milliards de cellules et les milliers de souches. Cons\u00e9quemment, il importe de prendre des probiotiques \u00e9valu\u00e9s et \u00e9prouv\u00e9s pour survivre dans une zone d\u00e9termin\u00e9e de l\u2019organisme et procurant des bienfaits valid\u00e9s.<\/p>\n<h2><strong>Sur la piste du microbiome<\/strong><\/h2>\n<p>Aussit\u00f4t qu\u2019ils entendent \u00ab\u00a0microbiome\u00a0\u00bb, la plupart des gens pensent \u00e0 l\u2019intestin. M\u00eame si les microbes abondent dans la partie inf\u00e9rieure du tube digestif, d\u2019autres communaut\u00e9s de bact\u00e9ries diverses logent ailleurs dans l\u2019organisme.<\/p>\n<p>D\u00e9couvrons \u00e0 quel endroit\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>Intestin\u00a0: L\u2019estomac h\u00e9berge peu de bact\u00e9ries. Comme c\u2019est un milieu tr\u00e8s acide peu invitant, rares sont celles qui y survivent. Situation tr\u00e8s diff\u00e9rente dans l\u2019intestin, surtout parce que c\u2019est l\u00e0 o\u00f9 la nourriture r\u00e9side le plus longtemps. Le microbiome intestinal a \u00e9t\u00e9 \u00e9tudi\u00e9 sous tous les angles et il est donc plus facile d\u2019identifier bon nombre des cat\u00e9gories bact\u00e9riennes de l\u2019intestin.<\/li>\n<li>Parmi la multitude de microbes peuplant l\u2019intestin gr\u00eale et le gros intestin, les plus abondants sont les bact\u00e9roidetes (une cat\u00e9gorie de bact\u00e9ries). Les populations dans l\u2019intestin gr\u00eale et le gros intestin sont distinctes et avec des souches diff\u00e9rentes dominant chacun.<\/li>\n<li>Peau\u00a0: L\u2019organe le plus volumineux de l\u2019organisme h\u00e9berge sa propre communaut\u00e9 de bact\u00e9ries et d\u2019autres microbes. Les pires peurs des germaphobes sont confirm\u00e9es\u00a0: le corps est recouvert de bact\u00e9ries. Les plis et replis de la peau offrent tout l\u2019espace voulu pour l\u2019\u00e9tablissement de diverses communaut\u00e9s microbiennes. Il faut pourtant rappeler que la plupart des bact\u00e9ries sont inoffensives en temps normal et la plupart sont class\u00e9es comme actinobact\u00e9ries (une autre cat\u00e9gorie de bact\u00e9ries).<\/li>\n<li>Bouche\u00a0: Les dents, la langue, les joues, les l\u00e8vres et le palais constituent l\u2019habitat de bact\u00e9ries dont la plupart sont inoffensives ou b\u00e9n\u00e9fiques. <a href=\"http:\/\/jb.asm.org\/content\/192\/19\/5002.full\">Pr\u00e8s de 300 diff\u00e9rentes esp\u00e8ces ont \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9es dans la bouche<\/a>. Et \u00e0 ce jour, on ne parle que des bact\u00e9ries qui portent un nom.<\/li>\n<li>Oreilles, nez, sinus et gorge\u00a0: Des bact\u00e9ries arrivent \u00e0 s\u2019\u00e9panouir dans chacune de ces zones \u00e0 l\u2019environnement particulier. Elles sont regroup\u00e9es ici parce qu\u2019elles sont reli\u00e9es entre elles et aussi avec celles de la bouche.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Nous sommes loin d\u2019avoir fait le tour de toutes les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes de l\u2019organisme. Elles r\u00e9sident dans les organes g\u00e9nitaux, les poumons et en tout autre endroit o\u00f9 elles se sentent les bienvenues. M\u00eame si l\u2019intestin retient davantage l\u2019attention des chercheurs, ceux-ci \u00e9tudient cependant de plus pr\u00e8s d\u2019autres r\u00e9gions de l\u2019organisme. Ces travaux de recherche contribueront \u00e0 une meilleure connaissance du microbiome et d\u2019un plus grand nombre de ces bact\u00e9ries amies.<\/p>\n<h2><strong>La formation du microbiome<\/strong><\/h2>\n<p>L\u2019\u00eatre humain est fa\u00e7onn\u00e9 par l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me dans lequel il vit et il en va de m\u00eame du microbiome\u2026 dont l\u2019\u00eatre humain est l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me.<\/p>\n<p>C\u2019est ce qui explique le caract\u00e8re unique du microbiome qui prend forme au gr\u00e9 de toutes les exp\u00e9riences que chacun vit depuis le moment de sa naissance. Que ce soit par voie naturelle ou c\u00e9sarienne, la naissance influe sur le microbiome du nouveau-n\u00e9. Le r\u00e9gime alimentaire et l\u2019environnement ont un impact sur l\u2019organisme de l\u2019\u00eatre humain et sur les bact\u00e9ries amies qui y vivent. L\u2019\u00e2ge est aussi un autre important facteur de diff\u00e9renciation.<\/p>\n<p>\u00c9tant donn\u00e9 la s\u00e9rie de variables et la grande diversit\u00e9 des bact\u00e9ries dans l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me de l\u2019organisme, il est difficile de savoir quelles souches de bact\u00e9ries \u00ab\u00a0normales\u00a0\u00bb ou \u00ab\u00a0saines\u00a0\u00bb chacun h\u00e9bergera. Une configuration r\u00e9guli\u00e8re d\u2019un microbiome particulier serait un travail tr\u00e8s exigeant qui demanderait beaucoup de temps. Un tel processus effectu\u00e9 une seule fois ne r\u00e9v\u00e9lerait pas grand-chose. Un aper\u00e7u g\u00e9n\u00e9ral du microbiome fournit toutefois suffisamment d\u2019information pour le comprendre sans devoir \u00e9num\u00e9rer des milliers de souches bact\u00e9riennes.<\/p>\n<p>En r\u00e9sum\u00e9, les bact\u00e9ries coexistant avec nous sont celles qui d\u00e9couvrent un cr\u00e9neau biologique, tout en \u00e9tant aussi les plus aptes \u00e0 s\u2019adapter \u00e0 un milieu donn\u00e9 et \u00e0 y survivre. Chacun est en quelque sorte aux commandes de son microbiome et nous insistons sur \u00ab\u00a0en quelque sorte\u00a0\u00bb. Ce n\u2019est pas aussi simple que de choisir nos bact\u00e9ries pr\u00e9f\u00e9r\u00e9es, parce que beaucoup de facteurs nous \u00e9chappent. Nous savons que les bonnes habitudes \u2013 un bon sommeil, l\u2019exercice et un r\u00e9gime alimentaire sain \u2013 favorisent un microbiome b\u00e9n\u00e9fique.<\/p>\n<p>Par contre, les bact\u00e9ries sont des esp\u00e8ces vivantes rivalisant avec des milliards de leurs semblables pour l\u2019espace et la nourriture. Nous pouvons certes influer sur les r\u00e9sultats de cette comp\u00e9tition, mais sans cependant r\u00e9ussir \u00e0 les fausser enti\u00e8rement. Pour ces m\u00eames raisons, le microbiome ne cesse de changer.<\/p>\n<h2><strong>L\u2019utilit\u00e9 du microbiome pour l\u2019\u00eatre humain<\/strong><\/h2>\n<p>La r\u00e9ponse est simple\u00a0: il est tr\u00e8s utile. La recherche d\u00e9voile de plus en plus les fonctions qu\u2019exerce le microbiome pour l\u2019\u00eatre humain et sa sant\u00e9.<\/p>\n<p>Voici un exemple tr\u00e8s r\u00e9v\u00e9lateur\u00a0: la croissance de souris \u00e9lev\u00e9es en l\u2019absence d\u2019une communaut\u00e9 bact\u00e9rienne, c.-\u00e0-d. n\u00e9es et \u00e9lev\u00e9es en milieu st\u00e9rile, est diff\u00e9rente de celle de souris avec un microbiome. Les souris exemptes de tout germe pr\u00e9sentent des anomalies comportementales et d\u2019autres probl\u00e8mes de sant\u00e9 contrairement aux souris normales.<\/p>\n<p>R\u00e8gle g\u00e9n\u00e9rale, le microbiome contribue aux processus digestifs, \u00e0 la fonction immunitaire, au maintien d\u2019un poids sant\u00e9, au fonctionnement du syst\u00e8me nerveux, et plus encore. C\u2019est l\u00e0 un tout autre sujet. Nous expliquerons en d\u00e9tail comment les bact\u00e9ries amies favorisent la sant\u00e9 dans le prochain article de notre s\u00e9rie sur le microbiome.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Nous ne sommes jamais seuls. Des milliers de milliards de microbes amis fourmillent dans l\u2019organisme et c\u2019est loin d\u2019\u00eatre mauvais. Tous ensemble, ils forment le microbiome \u2013 un mot souvent entendu, mais un concept qui reste mal compris. La d\u00e9finition du microbiome est pourtant assez simple. 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